Structural and functional genes, and highly repetitive sequences commonly used in the phylogeny and species concept of the phylum Cyanobacteria

Les cyanobactéries sont une lignée d’eubactéries qui attirent depuis longtemps l’attention des scientifiques. Environ 5 310 espèces de cyanobactéries ont été décrites jusqu’à présent et de nouvelles espèces sont continuellement découvertes, généralement nommées et décrites d’après des règles précises. La détermination correcte des souches de cyanobactéries a des répercussions sur de nouvelles applications biotechnologiques ainsi que sur des études écologiques. Dans de nombreuses situations, il est crucial de reconnaître des espèces d’algues distinctes, mais les méthodes pour y parvenir varient considérablement. L’objectif de cette revue est de faire le point sur les principales et les plus récentes études moléculaires portant sur le phylum des cyanobactéries, en accordant une attention particulière aux marqueurs génétiques les plus fréquemment utilisés. Pendant longtemps, la méthode de classification utilisée pour les cyanobactéries et les espèces traditionnellement décrites était principalement basée sur la morphologie. Au fil du temps, la taxonomie intégrative, qui implique l’inclusion de nombreux caractères et un échantillonnage complet des taxons, est devenue la règle car elle permet une meilleure résolution des relations entre espèces. Pour une meilleure résolution des phylogénies du phylum des cyanobactéries, il est généralement nécessaire de se concentrer sur différents marqueurs génétiques : des plus courants, comme les gènes ARNr 16S et 23S, ITS, rbcLXS et rpoC, aux gènes moins utilisés, comme hetR, psbA, tufA, gyp et cpcBA. De plus, les séquences hautement répétitives souvent utilisées pour les cyanobactéries symbiotiques représentent un facteur important dans la construction des relations phylogénétiques.