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Les marais salants reconvertis en réserves naturelles forment des habitats clés pour les Oiseaux d’eau nicheurs et en halte migratoire. Les variations abiotiques de ces milieux sont, pour une large part, contrôlées par le gestionnaire de site, offrant des conditions quasi-expérimentales pour l’étude de la dynamique des écosystèmes aquatiques littoraux. La présente étude vise à estimer l’effet des variations hydrauliques et physico-chimiques du milieu sur la diversité des Oiseaux d’eau, dans un complexe de marais salants du littoral méditerranéen (salins d’Hyères, Var). Nous avons pour cela quantifié la diversité de la communauté d’Oiseaux d’eau à partir de comptages décadaires (2013 à 2016), et l’avons corrélée à des relevés physico-chimiques (salinité, oxygénation, niveau d’eau) à partir de modèles de régression. Notre étude montre des variations temporelles de richesse spécifique, d’abondance et d’équitabilité distinctes entre groupes fonctionnels, attribuables à des fluctuations de la disponibilité en ressources et en habitat. Elle révèle par ailleurs une complémentarité dans l’usage par les Oiseaux des deux marais composant le site d’étude. Dans leur ensemble, les patrons observés décrivent une dynamique de communauté multi-échelle susceptible de contribuer à orienter une approche écosystémique de la gestion de ce type de site, tenant compte des processus régionaux et des fonctions écologiques des espèces.