Reclassification of species in the lichenized family Gomphillaceae Walt. Watson ex Hafellner (Ascomycota: Graphidales) using morphology-based phylogenetic binning

Les résultats de l’analyse phylogénétique ne sont souvent pas traduits en classifications formelles, car seule une partie des taxons a été séquencée, ce qui rend le placement des taxons restants peu clair. C’est le cas pour les Gomphillaceae Walt. Watson ex Hafellner, qui comprennent actuellement 422 espèces lichénisées et 18 espèces lichénicoles ou fongicoles acceptées, avec seulement 27% ayant des données de séquence disponibles. Une mise à jour de la phylogénie chez cette famille a permis la reconnaissance d’au moins 19 lignées supplémentaires ou nouvelles au niveau du genre, en plus des 27 genres connus jusqu’à présent, ce qui a rendu nécessaire de réévaluer le placement générique de nombreuses espèces non séquencées et de tester la stabilité des nouvelles lignées résultantes. Dans la présente étude, nous avons donc appliqué l’approche de regroupement phylogénétique à cette famille. Nous avons sélectionné un sous-ensemble de 310 espèces, en laissant de côté la plupart des espèces de Gyalidea Lettau ex Vězda et une partie de Gyalideopsis Vězda et Gyalectidium Müll. Arg., soit parce que le cadre phylogénétique n’était pas encore bien établi pour ces genres (Gyalidea, Gyalideopsis), soit parce que le genre était par ailleurs bien défini et monophylétique (Gyalectidium). Sur les 310 espèces sélectionnées, 72 disposaient de données de séquence et servaient de taxons de référence. L’analyse de regroupement sur les 238 taxons restants et pour lesquels aucune donnée moléculaire n’était disponible a placé 157 taxons (66 %) avec un support absolu (100 %) dans un seul nœud de l’arbre de référence. Trente-cinq autres taxons sont apparus sur deux nœuds alternatifs ou plus, mais avaient au moins 90 % de support pour un nœud ; 24 autres taxons avaient entre 70 % et 89 % de support pour un nœud donné. Ainsi, 216 taxons sur 238 (91 %) avaient un support pour un nœud donné. Cependant, pour 35 d’entre eux, le placement des nœuds se trouvait dans une partie non résolue de l’arbre, indiquant des genres potentiellement non reconnus, comprenant principalement des espèces non foliicoles de Gyalideopsis et des taxons apparentés pour lesquels aucune séquence ne se trouvait dans l’arbre de référence. Trois autres espèces de Gyalideopsis ont été placées avec l’exogroupe. La plupart des taxons restants pouvaient être placés dans un genre donné en toute confiance, y compris les 19 genres nouvellement reconnus, et la plupart des placements obtenus par regroupement phylogénétique étaient cohérents avec les placements prévus, y compris des études antérieures. Pour une petite partie des taxons seulement (environ 10 %), les résultats du regroupement étaient en conflit avec leur placement actuel ou prédit précédemment.