Des amphibiens et reptiles sont décrits pour la première fois dans le Cénozoïque d’Afghanistan. Ils proviennent de quatre gisements. Sherullah 9 (Miocène supérieur) a fourni des amphibiens anoures (? Alytidae Fitzinger, 1843 (? Discoglossinae Günther, 1858), « Ranidae » Batsch, 1796 et une autre famille, indéterminée), la tortue terrestre testudinine Agrionemys Khozatsky & Młynarski, 1966, d’un genre présent actuellement dans la région de Kaboul, et comparé à un spécimen fossile de Maragheh (Iran) ; un lézard indéterminé, des serpents Colubridae Oppel, 1811 s.l. et deux serpents différents qui peuvent appartenir aux Colubridae s.l. ou aux Elapidae Boie, 1827. Les trois autres gisements sont très pauvres. Dans le Pliocène inférieur de Molayan seul un lézard (Varanus sp. Merrem, 1820, Varanidae Gray, 1827) a été trouvé. Pul-E Charkhi (Pliocène inférieur) a livré des anoures et un lézard indéterminé ainsi que des colubridés, aussi indéterminés. Hadji Rona (Pliocène inférieur) n’a fourni qu’un anoure appartenant à une famille indéterminée. Dans la mesure où elle est connue, la faune est ainsi constituée de familles toujours présentes en Afghanistan.
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