Hierarchical representation of hypotheses of homology

La représentation des hypothèses d’homologie sous forme de tableaux (appelés couramment matrices de données) est classiquement utilisée en analyse cladistique grâce à la grande lisibilité et concision. Williams & Ebach (2006) en ont récemment fait la critique. Ils fondent leur argumentation sur le fait que les tableaux sont incapables de représenter des relations de parenté, c’est-à-dire les homologies sous-jacentes. Nous sommes d’accord avec leur point de vue et complétons ici leur argumentation. Nous identifions les raisons formelles de l’inadéquation de cette forme de représentation pour les hypothèses d’homologies en systématique et biogéographie cladistique. Nous proposons également une solution qui a pour avantage de rester claire et concise. Afin de garantir la cohérence de la nouvelle représentation, nous précisons les concepts de « composante », « caractère », « état de caractère » et « homologue ».