The data matrix

La matrice de données peut être interprétée de trois manières différentes en systématique et biogéographie, baptisées ici phylo-phénétique, systématique phylogénétique (transformationnelle) et Cladistique. Chacune de ces interprétations considère la matrice comme une combinaison de lignes (taxons, aires et caractères) et de cellules (états de caractère), exprimés sous forme de tableau. Toutes les méthodes habituelles, sauf la Cladistique, utilisent les transformations ou les changements entre les cellules comme source pour la découverte et la représentation des relations de parenté. Nous montrons que la Cladistique, en revanche, utilise les relations entre trois cellules comme l’unité élémentaire de relation. Nous suggérons que la différence entre ces trois méthodes se trouve dans la théorie et la pratique concernant les notions d’homologue et d’homologie. Nous montrons ici que, dans les deux premières interprétations citées, la matrice est simplement un outil phénétique destiné à optimiser des arrangements d’homologues plutôt qu’à déterminer des homologies et à découvrir des relations de parenté.