Comptes Rendus Palevol
7 (1) - Pages 17-26L’analyse de parcimonie a pour but d’identifier l’arbre s’optimisant le mieux avec les hypothèses d’homologie. Cependant, la méthode de parcimonie ne maximise pas directement l’homologie, mais minimise l’homoplasie. Lorsque l’analyse de parcimonie identifie plusieurs arbres équiparcimonieux, il a été montré que le nombre de caractères homologues varie de façon significative d’un arbre à l’autre. Nous proposons une méthode appelée MaHo, permettant de sélectionner, parmi les arbres équiparcimonieux, le(s) arbre(s) portant le nombre maximum d’homologies. Nous appliquons cette approche aux relations phylogénétiques de 31 représentants de la sous-famille des Dombeyoideae (Malvaceae, ex-Sterculiaceae) originaires de l’archipel des Mascareignes. L’analyse de parcimonie permet de retenir 29 336 arbres équiparcimonieux. MaHo est utilisé afin d’améliorer la résolution et d’augmenter le nombre d’homologies acceptées. Le consensus des 7592 arbres équiparcimonieux présentant le nombre maximal d’homologies est sélectionné. Cette sélection « révèle » cinq synapomorphies supplémentaires, réduit de façon importante le nombre des arbres équiparcimonieux et améliore la résolution du consensus strict de ces arbres équiparcimonieux.
MaHo, parcimonie, homologie, indice de rétention, Dombeya, Mascareignes
