Evaluating strategies of phylogenetic analyses by the coherence of their results

Je propose une approche pour identifier, parmi plusieurs stratégies d’analyse phylogénétique, celles aux résultats les plus fiables. Cette approche se base sur l’hypothèse que, plus un résultat est reproduit à partir de données indépendantes, plus il reflète le signal historique commun aux données analysées. Sous cette hypothèse, la capacité d’une stratégie d’analyse à extraire le signal historique devrait être positivement corrélée à la cohérence des résultats obtenus. J’applique cette approche à une série d’analyses sur des données empiriques, en basant la mesure de cohérence sur les distances de Robinson–Foulds entre les arbres obtenus. En première approximation, les stratégies d’analyse les plus adaptées aux données produisent les résultats les plus cohérents. Cependant, des risques de faux positifs et de faux négatifs, difficiles à écarter, sont identifiés.