Birds perching on bushes: Networks to visualize conflicting phylogenetic signals during early avian radiation

L’hybridation est de plus en plus perçue comme une importante source de variations génétiques adaptatives et de diversité biologique. Des études phylogénétiques récentes sur l’évolution des oiseaux suggèrent que la diversification précoce des ordres de Neoaves ait peut-être compris une période d’hybridation extensive ou de tri incomplet des lignées. En raison des erreurs phylogénétiques, de la saturation, de l’attraction des branches longues et de la convergence, il est très difficile de détecter des événements anciens d’hybridation et de les différencier du tri incomplet des lignées avec des données de séquence. Nous avons utilisé des marqueurs rétroposons récemment publiés pour visualiser le rayonnement ancien des Neoaves, en utilisant une approche par réseau phylogénétique. On a constaté que les taxons les plus basaux des Neoaves montrent, en effet, un ensemble complexe de relations réticulées. De plus, les niveaux de réticulation des différentes parties du réseau sont compatibles avec le modèle d’insertion des éléments rétroposons. L’utilisation des analyses de réseaux plus sophistiqués et rigoureux, basés sur des données sans homoplasie, va certainement aider à détecter des événements d’hybridation anciens et à les différencier du tri incomplet des lignées.