Une histoire de géométrie et de finesse (ou : comment parler de phylogénétique ?)

Le développement des méthodes phylogénétiques au début des années 1970 est évoqué au moyen de l’image pascalienne empruntée à Armand de Ricqlès et remontant à 1975 : le triomphe de l’esprit de géométrie sur l’esprit de finesse. L’émergence et la consolidation de la cladistique correspondent à l’esprit de géométrie (le principe de congruence de Hennig – images phylogénétiques congruentes – est emprunté à la géométrie même). Cependant, la finesse anatomique étant garante de la qualité d’une matrice de données taxons × caractères, l’aspect qualitatif des arbres parcimonieux n’a jamais été absent. Les approches statistiques probabilistes, munies de mathématiques sophistiquées, se sont ensuite peu à peu imposées à la suite de débats où les polémiques n’étaient pas absentes. L’omniprésence actuelle des approches moléculaires probabilistes n’est pas sans ambiguïté et pose à nouveau la question de l’alternative : finesse ou géométrie des modèles évolutifs.