Une analyse phylogénétique des Annonaceae, basée sur les caractères morphologiques, est présentée avec les tests de solidité relative des relations entre les groupes, l'apport de la documentation et de la justification des caractères et la discussion sur l'implication des résultats dans l'évolution des caractères. Les arbres obtenus montrent un fort degré d'homoplasie et d'instabilité des relations parmi les groupes; toutefois, l'enracinement de la famille et la plupart des clades majeurs sont relativement stables. Anaxagorea et les ambavioïdes, dont le pollen est monosulqué grenu, constituent les lignées basales. Les clades intermédiaires sont les piptostigmoïdes, les malmeoïdes (à pollen monosulqué columellaire), et les miliusoïdes (le plus souvent à pollen disulculé). Les taxa à pollen simple inaperturé ou en tétrades: uvarioïdes (lianes), xylopioïdes, pseudosyncarpes et annonoïdes (incluant Artabotrys) forment le clade des inaperturés lié aux miliusoïdes par le pollen arrondi et l'endosperme à ruminations lamelliformes. Plusieurs tendances importantes dans l'évolution des caractères sont mises en évidence: régularisation de la nervation foliaire (avec plusieurs réversions); étamines laminaires vers étamines à connectif prolongé, pelté, et apiculé; stigmates sessiles vers capités et allongés (parfois sessiles par réversion); deux origines des pseudosyncarpes et une origine des parasyncarpes à partir des apocarpes; ruminations de l'endosperme épaisses vers spiniformes et lamelliformes; augmentation et diminution du nombre chromosomique à partir de n = 8. La préfloraison des pétales est valvaire à l'origine et devient imbriquée dans plusieurs lignées. Les caractères du bois, plusieurs caractères de l'inflorescence et de la morphologie florale, ainsi que le nombre d'ovules sont particulièrement homoplasiques.