Se reconocen cinco especies de Cyathodium para el Neotrópico. Las especies crecen en hábitats sombreados que varían desde laderas inestables de los ríos hasta potes y desagües de cemento de las carreteras. Las especies de Cyathodium son especies de selección r. Dos especies son dioicas y tres monoicas. La reproducción vegetativa por tubérculos está restringida a las especies dioicas las que también producen abundantes esporofitos. Todas las especies monoicas producen abundantes esporofitos. Los patrones de germinación de esporas de C. cavernarum y C. foetidissimum que crecen en medios de cultivo, incluyen una fase inicial filamentosa seguida por el desarrollo de los talos en el ápice del filamento protonemático. Cyathodium spruceanum produce un protonema multiseriado a manera de brote del cual desarrolla el talo. Se seleccionaron doce caracteres gametofíticos y dos esporofíticos para discriminar entre las species, tanto en estado vegetativo como fértil. Para cuatro especies se analizaron las variaciones en la secuencias de nucleótidos del ADN ribosomal del núcleo, en la región ITS1-5.85S rRNA-ITS2. Cada especie es genética y morfológicamente distintiva. Las diferencias genéticas más grandes se encontraron entre C. foetidissimum y C. spruceanum. Las secuencias para C. bischlerianum no resultaron y por lo tanto no se incluyeron en el análisis. Los especímenes de C. cavernarum y C. spruceanum de áreas geográficas cercanas están genéticamente más relacionados entre sí que con aquéllos de sitios más distantes.