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Le lac Kivu est le moins connu des grands lacs d’Afrique de l’Est en ce qui concerne les algues de la zone pélagique. Les données existantes sur ses communautés phytoplanctoniques sont ponctuelles, dispersées ou anciennes. Ce travail présente les données floristiques du premier suivi sur un long terme (deux ans et demi) mené au lac Kivu. Les échantillons ont été prélevés toutes les deux semaines dans le bassin sud, et deux fois par an (une en saison sèche et une en saison des pluies) dans les bassins nord, est et ouest. En zone pélagique, les quatre bassins présentent la même composition spécifique. Les espèces les plus courantes sont des diatomées pennées Nitzschia bacata Hust. et Fragilaria danica (Kütz.) Lange-Bert., et des cyanobactéries Planktolyngbya limnetica Lemm. et Synechococcus sp.. La diatomée centrique Urosolenia sp. et la cyanobactérie Microcystis sp. sont également très abondantes, principalement au voisinage de la surface en période de stratification journalière. Quelques espèces typiques du métalimnion/bas epilimnion ont été mis en évidence, comme Cryptaulax sp., Cryptomonas sp., Rhodomonas sp. et Merismopedia trolleri Bach. Le spectre vertical s’est avéré un important facteur de diversification. De légères différences ont été observées par rapport à la situation décrite en 1937 suite aux premières expéditions belges. Les données existantes ne sont pas concluantes quant à un possible impact de l’introduction de la sardine planctonivore Limnothrissa miodon Boulenger (endémique du lac Tanganyika) sur la diversité du phytoplancton pélagique du lac Kivu.