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La séquence de la petite sous-unité de l'ADN ribosomique a été déterminée pour Maripelta rotata confirmant sa position taxinomique au sein des Rhodymeniaceae sensu stricto. Parmi les genres inclus dans les analyses de ce travail, Maripelta a été spécifiquement associé à Chrysymenia sensu stricto et Gloiosaccion avec lesquels il ne partage aucun aspect morphologique ou anatomique particulier. Cette observation est discutée à la lumière des récents changements dans la taxinomie des Rhodymeniales qui ont permis d'établir qu'il ne fallait plus mettre l'accent sur les caractères végétatifs pour établir leur systématique au niveau de la famille.