Des algues rouges appartenant au complexe Bostrychia radicans /B. moritziana sont fréquemment observées dans les mangroves. Ce complexe d'espèces comprend 7 lignées évolutives bien distinctes basées sur l'analyse de la zone espaceur de la RuBisCo (marqueur plastidial). Nous avons échantillonné ces algues le long des côtes de la Nouvelle-Calédonie. La plupart des échantillons récoltés sur la côte ouest appartiennent à la lignée 1 (4 haplotypes), lignée la plus commune de l'Océan Pacifique ouest. Au contraire, cette lignée est peu fréquente sur la côte est, les lignées 2, 6 et 7, qui ont une distribution mondiale, étant majoritaires. La plupart des échantillons de la lignée 1 récoltés sur la côte ouest ne se reproduisent qu'asexuellement (par tétraspores) tandis que ceux de la côte est se reproduisent sexuellement. Les spécimens de la lignée 7, tous trouvés dans la région du port minéralier (nickel, côte est) de Kouaoua, ont le même haplotype qu'un spécimen provenant de Floride, USA. Ce travail montre que l'on ne peut pas se fier à la seule étude morphologique pour déterminer la biodiversité de ces algues et que l'analyse moléculaire est aussi nécessaire. Cette étude met aussi en lumière la différence de biodiversité entre les deux côtes, différence dont les causes pourraient être leur histoire évolutive, des conditions écologiques différentes ou des facteurs humains plus récents.