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DNA barcoding for species identification and discovery in diatoms

David G. MANN, Shinya SATO, Rosa TROBAJO, Pieter VANORMELINGEN & Caroline SOUFFREAU

en Cryptogamie, Algologie 31 (4) - Pages 557-577

Publié le 26 novembre 2010

DNA barcoding for species identification and discovery in diatoms

Les diatomées représentent le plus grand groupe d'algues unicellulaires, jouent un rôle fondamental dans la biosphère, et sont importantes en tant qu'indicateurs biologiques. L'identification sur des bases morphologique exige entre autres un long entraînement, des compétences considérables en microscopie, et l'accès à une vaste littérature publiée pour l'essentiel sous forme d'articles. Durant leur cycle de vie, les cellules de diatomées modifient leur taille et leurs motifs, souvent aussi leur forme, mais le cycle complet n'est connu que pour moins de 1 des espèces décrites. De récentes études ont démontré l'existence d'espèces pseudocryptiques et cryptiques parmi les diatomées, nécessitant des méthodes moléculaires pour leur découverte et reconnaissance. Ces facteurs entre autres soutiennent le développement d'un système de taxinomie moléculaire tel que le code barre ADN. Ceci pourrait être un barcoding « puissant », pouvant résoudre presque toutes les espèces, ou « faible », ne pouvant résoudre que des espèces déjà reconnues en microscopie optique. Plusieurs essais d'identification de gènes convenables sont achevées et nous évaluons l'universalité, la facilité d'emploi et le pouvoir discriminatif interspécifique de ces gènes sur les quelques espèces modèles offrant des paires d'espèces-s?urs probables. A cet instant, aucun marqueur génétique n'est prouvé idéal, mais le LSU rDNA et le rbcL peuvent être acceptables, bien que leurs capacités discriminatoires soient plus faibles que ceux de quelques autres marqueurs. Nous discutons les prochaines étapes pour développer un système complet de code-barres.

Également disponible sur Connect.barcodeoflife
 


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